立體顯微鏡是在科學領域，主要用于比較兩個標本。立體顯微鏡是由兩個常規顯微鏡，光橋連接在一起。比較來兩個樣品的差別，使用傳統的顯微鏡觀眾將需要記憶的內容，并切換幻燈片，立體顯微鏡，但是，觀眾可以看到并排在兩個幻燈片方同時。

立體顯微鏡是在1920年代發明的，主要用于法醫彈道測試,顯微鏡，并在被定罪的著名案件。今天的立體顯微鏡是大部分相同，但有一些重要的增強，如數字成像，光纖照明，視頻功能和附件拍照

一個立體顯微鏡是顯微鏡光學顯微鏡組的一部分。使用光學顯微鏡折射率​​鏡片，以幫助集中光線進入眼球。這些鏡頭通常是由玻璃;然而也可用于塑料鏡片。大多數立體顯微鏡可以達到1500倍的放大倍率，但往往是為降低倍率放大倍率使用在立體顯微鏡。此外，立體顯微鏡主要用于研究的標本。除了使用普通光研究標本，也可以可用于研究生物標本，紅外光也可以用于生物組織的厚片。

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